微山县置县于秦代，县治设于夏镇，始称广戚县；西汉武帝元朔元年（前128），封刘将为广戚侯。《山东通志·封建》曰：“广戚侯刘将，鲁共王子，武帝时封。”国都在今山东微山县夏镇街道，侯国封土为微山县南部和滕县南部的一部分区域，属豫州管辖。刘将去世，子刘始嗣，元鼎五年（前112）坐酎金免。至南北朝时并入留县，中华人民共和国成立后，为了统一管理微山湖于1949年设立湖区办事处（驻夏镇），1953年撤销设立微山县，因地处微山湖故名。
　　1953年经政务院批准，将山东、江苏2省6县4镇302个村庄和4个水上渔民乡划为微山县，并于同年10月建县。因境内微山湖而得名。孔子先人殷微子葬于此地山陵凤凰台，因称微山。明代中期，微山周围成湖，名之微山湖。
　　1984年8月，为了加强微山湖的统一治理，合理开发利用湖区资源，将江苏省沛县的杨堂、孙庄、东明、西平、六营、曹庄、王庄、大挖工庄、赵楼、赵庙、张庄、侣楼、庞孟庆、中挖工庄共14个自然村划入微山县（同时设立西平乡、赵庙乡）。
　　1996年，微山县面积1677.3平方千米，人口65.7万人。辖5个镇、13个乡：夏镇、欢城镇、韩庄镇、鲁桥镇、南阳镇、侯楼乡、马坡乡、两城乡、留庄乡、张楼乡、西平乡、傅村乡、赵庙乡、昭阳乡、彭口闸乡、高楼乡、塘湖乡、微山岛乡。县政府驻夏镇。
　　1999年8月26日，撤销傅村乡，设立傅村镇（鲁政函民字[1999]23号）。1999年12月6日，撤销留庄乡，设立留庄镇（鲁政函民字[1999]34号）。至此，微山县辖7个镇、11个乡。
　　2000年12月1日，山东省政府（鲁政函民字[2000]74号）批准：撤销塘湖乡，将其行政区域并入韩庄镇；撤销彭口闸乡、昭阳乡，将其行政区域并入夏镇；撤销侯楼乡，将其行政区域并入鲁桥镇。至此，微山县辖7个镇、7个乡：韩庄镇、夏镇、傅村镇、欢城镇、留庄镇、鲁桥镇、南阳镇、微山岛乡、两城乡、马坡乡、张楼乡、西平乡、赵庙乡、高楼乡。　
　　2004年1月2日，经山东省政府同意，微山县撤销夏镇，以原夏镇的行政区域设立夏镇街道办事处和昭阳街道办事处。将原夏镇的奎文、戚城、城后、磨担街、谢桥、盐当、文昌、箭街、顺河、月河、青年、南门口、泰山、李楼、殷庄、李堂、付楼、马楼、周岭、朱庄、大刘楼、黄桥、曹庄、沙河崖、青山、部城东、古楼、南门外、部城西、沙谷堆、西刘、辛庄、大官口、童庄、黄庄、后村、前村、朱道沟、东翁楼、小官口、石坝、西寨、李谷堆、鹿湾、薛庄、杨闸、周庄、陆庄、亓楼、白庄、建新、西八里屯、吕庄、马庄、后鲍楼、后八里屯、严庄、前鲍楼、王庄、前八里屯、三里庄、贾庄、洛房、薛河头等64个行政村划归夏镇街道办事处管辖，办事处机关驻原夏镇政府驻地；将原夏镇的三孔桥、十村、三孔桥东、老坝、寨子、南庄东、南庄西、西楼、微滨、新建、爱湖、大捐、薛河、十字河、网厂、西万一、西万二、西万三、西万四、西万五、西万六、蒋庄、刘昌庄、渐口东、渐口西、四新、种口二、种口三、种口四、三官庙、后学北、后学南、南坝、南埠庄、蒋集河南、蒋集河北、恩庄、运河、猛进等39个行政村划归昭阳街道办事处管辖，办事处机关驻三孔桥村。
　　微山县辖2个街道、6个镇、7个乡：夏镇街道、昭阳街道、韩庄镇、欢城镇、鲁桥镇、南阳镇、傅村镇、留庄镇、微山岛乡、高楼乡、赵庙乡、两城乡、马坡乡、西平乡、张楼乡。共4个居委会、523个村委会，553个自然村。总面积1779.8平方千米，总人口695131人。（根据“济宁地名网”，估计为2004年统计数据）
　　2007年底，全县总面积1779.8平方千米。总人口70.64万人，人口城镇化率38％。有少数民族30个，3200人。辖2个街道、6个镇、7个乡、1个经济开发区：夏镇街道、昭阳街道、韩庄镇、欢城镇、南阳镇、鲁桥镇、傅村镇、留庄镇、微山岛乡、两城乡、马坡乡、高楼乡、张楼乡、赵庙乡、西平乡，县经济开发区，共有542个行政村（居委会）。
    2010年，撤销两城乡、马坡乡，设立两城镇、马坡镇。调整后，全县辖2个街道、8个镇、5个乡、1个经济开发区：夏镇街道、昭阳街道、韩庄镇、欢城镇、南阳镇、鲁桥镇、傅村镇、留庄镇、两城镇、马坡镇、微山岛乡、高楼乡、张楼乡、赵庙乡、西平乡、县经济开发区。县委、县政府驻夏镇街道。

　　2016年，全县总面积达1780平方公里，人口总数72.35万人。全县辖3个街道、11个镇、1个乡、1个经济开发区：韩庄镇、微山岛镇、昭阳街道、夏镇街道、傅村街道、欢城镇、留庄镇、鲁桥镇、两城镇、马坡镇、南阳镇、张楼镇、西平镇、赵庙镇、高楼乡、县经济开发区。县委、县政府驻夏镇街道。